相比国外星载原子钟，我国北斗导航系统有很大不足，例如原子钟性能不好直接影响到导航系统的整体性能，采用时频生成与保持技术弥补了这一不足，利用时频生成与保持系统对原子钟进行驯服保持，改善原子钟性能指标，从而提高导航系统的整体性能指标。时频子系统负责将星上时间同步到地面主控站，监控星上原子钟的运行并能够在星上原子钟与地面联系中断时自主控制并优化星上原子钟的运行，减小原子钟漂移率。卫星时频生成与保持系统采用群相位法相位比对测量相位差，提高测量精度，以实现主钟和备份钟之间的无缝切换。根据时频信号的锁定、鉴相和相位测量技术的研究。